Доктор Дэниел Джексон, используя технологии древних, находит координаты затерянного города Атлантида, и доктор Элизабет Вейр собирает международную экспедицию для его исследования. Проблемой становится только то, что он находится в другой галактике - галактике Пегаса. Но для путешествия даже между галактиками через звёздные врата требуется очень много энергии - столько, сколько может выдать только МНТ. Но на Земле есть только один такой источник энергии. Таким образом, изначально предполагается, что если в Атлантиде не найдётся другой МНТ, то это будет путешествие в один конец.
Stargate: Atlantis